کیهان نوشت:
 «رأی خاتمی، سیلی به موسوی بود»، «خاتمی نفوذی حکومت است»، «خاتمی نشان داد شورای هماهنگی سبز را بر خلاف ادعای این شورا قبول ندارد»، «رأی دادن خاتمی بازداشت شدگان سیاسی را خیلی ناراحت و دپرس کرد» و...
این‌ها تحلیل‌ها و قضاوت‌هایی است که در رسانه‌های اپوزیسیون منتشر شده است. از جمله ژیلا بنی یعقوب همسر یکی از عناصر بازداشت شده پس از ملاقات با همسرش تصریح می‌کند «از فضای بند پرسیدم و واکنش زندانیان نسبت به رأی دادن خاتمی. گفت راستش فضای بند با شنیدن این خبر پر از ناراحتی شد. البته تا یک روز اول باور نمی‌کردیم و بعد که مطمئن شدیم تقریبا همه خیلی ناراحت و حتی دپرس و غمگین شدند.»
وی اضافه می‌کند: پرسیدم الان فضای بند چطوره؟ گفت متاسفانه هنوز هم فضای غم غلبه داره.
در این میان یک پایگاه اینترنتی وابسته به گروهک نهضت آزادی موسوم به دانشجو نیوز در تحلیلی خاطر نشان کرد: آقای خاتمی با رأی دادن در انتخابات عملا جدایی راه خود از «شورای راه سبز امید» را با صدای بلند اعلام کرد و این را پیش و بیش از هر کس دیگر خود اعضای این شورا باید دریافته باشند، نمی‌شود تصور کرد آقای خاتمی بدون در نظر گرفتن فراخوان شورا مبنی بر شرکت نکردن در انتخابات دست به چنین اقدامی زده باشند این موضوع از آنجا حائز اهمیت می‌شود که این شورا همواره مدعی بوده اگر نه حمایت علنی اما همدلی و رضایت ناگفته خاتمی را به همراه دارد مهم‌تر از همه اینکه خاتمی از نفوذ بالایی در میان هواداران این شورا برخوردار است.
دانشجونیوز اضافه می‌کند: خاتمی از دور برداشتن شورای راه سبز -که مدعی است زبان اپوزیسیون داخل کشور نیز هست-، رونق گرفتن فعالیت‌های خارج از کشور و انتقال کامل مدیریت به بیرون از مرز‌ها و رادیکال شدن آن نگران است. وی با این کار به اعضای پیدا و پنهان این شورا این پیام را داده که تصمیمات شورا لزوما مورد قبول او نیست. همچنین پیام مشابهی به حاکمیت و نیروهای درون نظام که حسابش را به خارج نشینان فراخوان بده جدا کنند.
این رسانه درباره شیفتگان خاتمی نوشت: این عده از آنجا که عمدتا دچار کیش شخصیت هستند احتمالا در آینده دچار تناقض‌های بیشتری می‌شوند‌‌ همان طور که از این پس در مورد دفاع و پیروی از فراخوان‌های شورای راه سبز دچار تناقض می‌شوند. جفای آقای خاتمی به مفاهیمی مانند دموکراسی، جامعه مدنی، انتخابات آزاد، تحزب، اصلاحات و... بزرگ‌ترین عملکرد منفی سیاسی ایشان و نابخشودنی‌ترین آن‌ها در طول این سالهاست. آقای خاتمی در طول این سال‌ها کوشیده واژه‌ها و مفاهیم مدرن را بیش از پیش لاغر کرده، دست و پایشان را تا چارچوب‌های نظام سیاسی فعلی کوتاه کند و زبانشان را بریده تا پژواک صدایشان از مرزهای آرمان‌های مطلوب او فرا‌تر نرود. امروز نیز گفتمان آقای خاتمی «آشتی ملی» را نشانه گرفته است. این عروس هزار داماد نه تنها دل طیف‌های گسترده‌ای از نیروهای معتدل اپوزیسیون و پوزسیون را می‌برد که در مواقع تنگنا و اضطرار نیز می‌تواند حاجت دل تندرو‌ترین آن‌ها را نیز اجابت کند. باید به ایشان یادآور شویم آشتی ملی به معنای آزادی چند زندانی سیاسی وابسته به احزاب متبوع و دیگر مدیران دولتی او یا راه یافتن چند نماینده هم فکر به مجلس و دعوت به مجالس بزرگان نظام و... نیست.
از زاویه تحلیل دیگر، پایگاه اینترنتی گویانیوز در تحلیلی با عنوان «خاتمی نفوذی حکومت بود» تاکید کرده است: چند ماه پیش نوشتیم که این مرد ارزش باور کردن را ندارد. گفته بودیم که او مامور حکومت برای گرفتن فرصت از اپوزیسیون است. او گوش به فرمان حاکمیت و مامور برای انحراف و سردرگم سازی روشنفکران بوده است. خاتمی می‌گوید نباید درگذشته منجمد ماند. با این وصف نباید سکوت و خیانت او به مهندس موسوی و شیخ کروبی و همراهی با حکومت را به رخ کشید.
 «بالا‌ترین» نیز معتقد است رأی خاتمی سیلی به گوش موسوی بود. قدیم تر‌ها یک جوک بین مردم رایج بود که مربی فوتبال به بازیکنانش می‌گفت اصغری و اکبری، حسنی و حسینی و... همه بازیکنان حریف را ول کنید، بچسبید به نوک حمله آن‌ها، در بیست دقیقه اول، اصغری (مدافع وسط تیم) دو گل به دروازه خودی زد، مربی تیم از کنار زمین فریاد زد که نوک حمله تیم حریف را ول کنید، همه بچسبید به اصغری! حالا با این وقایع، باید حاکمیت را‌‌ رها کرد و چسبید به خاتمی.
همچنین سایت رادیو فردا به نقل یکی از اعضای فراری دفتر تحکیم نوشت: خاتمی هیچ تفاوتی با گذشته نکرده است و این مخالفان هستند که از او توقعی غیرمنطبق با واقعیت دارند. خاتمی الگوی رفتاری ثابتی ندارد. او فاقد برنامه و محاسبه‌گری و مقید به رعایت خط قرمز حساسیت‌های رهبری است. خاتمی تابع هیچ گونه برنامه سیاسی منسجم و منظم نیست و به صورت آنی و دفعی موضع می‌گیرد. او پر از اشتباه است از جمله نامه نگاری به رهبری در اوج درگیری‌ها و پیشنهاد بخشش ظلم‌هایی بود که به رهبری شده است.
نویسنده تاکید می‌کند: با توجه به پیشینه عملکرد خاتمی، معضل موجود درباره او تکرار شونده است. او نمی‌تواند عملکرد قابل قبولی برای اپوزیسیون داشته باشد. مشکل دقیقا جایی است که الگوی رفتاری خاتمی بعد از مدتی توسط مخالفان فراموش می‌شود. تا زمانی که حامیان خاتمی هرگونه عملکرد او را توجیه می‌کنند نمی‌توان به عدم تکرار وقایع مشابه امید داشت.
همچنین گویانیوز در نوشته دیگری تصریح کرد: رأی دادن خاتمی در انتخابات، مخالفان را به جان هم انداخت و همه آن‌ها را سر کار گذاشت. هنوز هم گروهی در شوک به سر می‌برند و برخی در پی چرایی حضور خاتمی در انتخابات هستند، و عاقبت نتیجه این همه تفحص و بحث و جدل بین شوک زدگان این می‌شود که دلیل رای دادن خاتمی، همانا آماده سازی فضای فعالیت دوباره اصلاح طلبان برای دوره‌های بعد بوده، که انصافا یک دست مریزاد باید به این کاشفان گفت که با این نتیجه گیری همه چیز سامان گرفت و نخود نخود هر که رود خانه خود و این بود پایان ماجرای یک مقطع از مبارزه با رژیم در باب تحریم انتخابات که از سه ماه قبل از برگزاری آن مخالفانش برای به زانو در آوردن نظام، با سینه دراندن و انتشار ده‌ها بیانیه و اعلامیه و مقاله، حکم به تحریمش داده بودند و نتیجه عینی آن هم چرخیدن در بر‌‌ همان لولای قبلی است.
گویانیوز تصریح کرد: توپ در میدان اپوزیسیون افتاده و خاتمی مقصر این وضعیت است که حالا پرده از چهره‌اش بر افتاده است.
از آنجا که گروهک‌های اپوزیسیون اساسا هویت اجاره‌ای دارند هجوم بی‌سابقه و گسترده آن‌ها به خاتمی و هتاکی‌های بعضا چارپاداری و رکیک علیه او حاکی از آن است که مدیران بیرونی فتنه یعنی مثلث آمریکا، اسرائیل و انگلیس، غیر از خاتمی، محور قابل تکیه دیگری نداشته‌اند و به همین علت رویگردانی خاتمی برای کانون بیرونی فتنه بسیار سنگین و شکننده بوده است.